1. Lilek nakrájejte na 0,5 centimetru silné plátky. Rozložte ho na prkénko, osolte a nechte 20 minut odstát. Brambory oloupejte, nakrájejte na tenké plátky, rozložte na plech vyložený pečicím papírem, pokapejte olivovým olejem a v troubě upečte dozlatova, bude to trvat asi 15 minut. Papriky zbavte jádřince a pokrájejte je na menší kousky. Na pánvi rozehřejte 2 lžíce olivového oleje a papriky na něm 10 minut restujte. Dejte je na talíř a odložte stranou. Na pánev přidejte lžíci oleje a opečte na něm na nudličky nakrájenou slaninu, přidejte hovězí maso a zprudka ho orestujte. Vsypte nastrouhaný muškátový oříšek, osolte a opepřete. Do opečeného masa nasypte na drobné kostičky pokrájenou cibuli a nechte ji zesklovatět.

2. Z lilků papírovou utěrkou setřete sůl a tekutinu, rozložte kolečka na plech vyložený pečicím papírem, zakápněte olivovým olejem a vložte do trouby na 15 minut. Po upečení přendejte lilek na talíř.

3. Do pánve k masu přilijte víno, nechte odvařit a přidejte rajčata. Dochuťte solí a pepřem, přidejte skořici a duste, dokud se nevypaří přebytečná tekutina.

4. Připravte bešamel. Do kastrůlku nalijte 4 lžíce olivového oleje, přisypte mouku a za stálého míchání nechte zrůžovět. Zalijte studeným mlékem, přidejte jogurt a důkladně metličkou rozmíchejte. Vraťte na sporák a míchejte do zhoustnutí. Stáhněte rendlík z plotny, přidejte ¾ množství nahrubo nastrouhaného sýra, osolte, opepřete a promíchejte.

5. Troubu předehřejte na 200 °C. Zapékací misku vymažte olejem a na dno rozprostřete opečené plátky brambor. Druhou vrstvu vytvořte z lilku, na lilek rozložte papriku.

6. Zeleninu poklaďte připravenou směsí masa a rajčat, uhlaďte a nakonec zalijte bešamelem. Posypte zbylým sýrem a vložte do vyhřáté trouby. Pečte 45 minut nebo dokud povrch nezezlátne. Před servírováním nechte 10 minut stát, musaka se se pak lépe porcuje.